Бото фамилия формируется из мирской Бота имя, что в переводе с киргизского означает "verblyuzhonochek". В Кыргызстане, верблюд животное-добытчик, жизненно важным инструментом в сельском хозяйстве, и слово «верблюд» используется по отношению к человеку, как милой ник.
Последнее Бото часто встречается в юго-восточных регионов России. Это имя министра юстиции Республики Бурятия, Борис Бота.