Фамилия Ганкина формируется из прозвищ Ханка, которая основана на аналогичной общее имя. По данным "Толкового словаря русского языка" В. И. Даля "Ханка" - "точеные блок для перил, нарезанный на заборе", "крыльцо, веранда, навес и pristupki с перилами в передней части дома или дом».
Вероятно, это прозвище относится к так называемой «профессиональной» именования содержащей ссылку на деятельность человека. Исходя из этого, можно предположить, что основатель Ганкина был плотником. Ханка, в конце концов получил название Ганкина.