Ен фамилия относится к распространенным видом украинских и белорусских имен и формируется из личных прозвище. Таким образом, название берет свое начало в Йене от прозвища Ен. Ен фамилии образуются из того же прозвище, которое, вероятно, восходит к глаголу "enats", что в переводе на русский язык означает "стон". Можно предположить, что прозвище Ен указал на черты его владельца, он был раздражительным.
Согласно другой, менее правдоподобной версии, название восходит к немецким Йена Йена. Йена - это название города, расположенного в Тюрингии (юго-восток Германии) на берегу реки Заале. Можно предположить, что предок был родом из Йены в этом городе.