Фамилия Киргинцев формируется из прозвищ Kirginets, которая восходит к топоним Kirgintsevo. Kirgintsevo - название деревни, расположенной в районе Новосибирской области Kupinskom. Вероятно, предком семьи владельца Киргинцев был родом из этой деревни.
Сам топоним, вероятно, восходит к киргизский нарицательным "kirgin", что в переводе на русский означает "наводнение". Не исключено, что деревня расположена на берегу озера и реки. Kirginets в конечном счете получил название Киргинцев.