Фамилия Ключенко формируется из ключевых прозвища. Она берет свое начало из того же нарицательное значение "Устройство для запирания и отпирания замка," "привязка борту лодки весло, чтобы укрепить". Возможно, прозвище относится к так называемой «профессиональной» именования содержащей ссылку на деятельность основателя семьи. Он был в состоянии производить ключей, или быть Ключников (сотрудник, который отвечал за продукты питания на дом, семья, и понес ключ к их местам хранения), или плотник.
Согласно другой гипотезе, прозвище происходит от топонима Keys - деревня в Тамбовской области. Само название, вероятно, восходит к одному из ключевых значений этого слова - "весна, вода-источник жили". В этом случае прозвище мог получить ключ приезжали люди из этой деревни и жили в область изобилует источниками.
Скорее всего, название изначально пришли Ключенко в Украине или Беларуси, о чем свидетельствует характерный суффикс-EHKO. Со временем, вероятно, родом Ключенко переехал в Россию, где не было русификации имен при помощи суффикса-ов. Ключа, в конце концов получил название Ключенко.