Фамилия Козубенко формируется из прозвищ Козуб, которая восходит к украинской нарицательным "Козуб," что в переводе на русский язык означает «корзина, корзина". Возможно, прозвище относится к так называемой «профессиональной» имен, указывающих на вид человеческой деятельности. Можно предположить, что предок владельцев имен участвующих Козубенко ткачества и продаже корзины, корзины.
Скорее всего, название изначально пришли Козубенко в Украине или Беларуси, о чем свидетельствует характерный суффикс-EHKO. Со временем род Kozubenkovyh переехал в Россию, где не было русификации названия, добавляя суффикс-ов (-а). Козуб легли в основу семьи Козубенко.