Фамилия Колыбай вероятно, образуются от имени Колыбай. Это фонетический вариант персидско-тюркского мужских имен Kalybay, что означает «моль, родимое пятно имеет". В старые времена существовало поверье, что крот приносит счастье. Поэтому, если ребенок рождается с родинкой, он получил соответствующее название.
В исторических документах упоминается под 1468 годом Казани Колыбай героя, который пришел в Украину.
Еще менее вероятно предположение, Колыбай название от прозвища Колыбай сформирован, которая основана на глагол "Колыбай", что означает "трястись, лоскута, качели".