Фамилия Наймушин формируется из Naymusha прозвища. Он основан на глагол «Найман», т.е. «Аренда». Скорее всего, прозвище получил сотрудник.
Менее вероятным этимологических отношений с мусульманским именем мужчины Наим имя, которое по-арабски означает «счастье, процветание". Naymusha в конечном счете получил название Наймушин.