Фамилия Непряхин формируется из Nepryaha прозвища. Она берет свое начало из того же нарицательное, которое первоначально означало "не в состоянии спин", а позднее стали использоваться по отношению к неуклюжим, ленивый человек.
Nepryaha прозвища восходит к древнейшим временам, о чем свидетельствуют записи в "Onomastikone" С. Б. Веселовского: Nepryaha Терех, фермер, в 1526 году, Новгороде. Nepryaha в конечном счете получил название Непряхин.