За основу был имя Пеньков духовное имя Петр. Есть две версии происхождения фамилий пни. На одном из них он основал от имени Пеньков - уменьшительная форма имени Петр (в переводе с греческого - «камень, скала»). Такие именования часто встречаются в России. Так, Павел, в просторечии часто называют и Александра Панько - Санько.
Фамилия происходит от имени Петра и его производные входят в десятку самых популярных в России (в некоторых районах до 6-7 на тысячу.) Особенно широко распространен в имени Петра был веком XVIII , когда он стал давать имя в честь императора Петра I.
выглядит менее правдоподобной версия, согласно которой название произошло от прозвища пень Пеньков. Пень - уменьшительная форма слова "пень". Пень называется остаток срубленного или упавшего дерева, и медленно остроумия человека. Это прозвище Пенек мог получить невысокий человек с посредственными или интеллектуальных способностей.
Возможно также, что название этимологически связано с Пеньков название населенного пункта конопли, из которой может быть потомком основателя рода конопли. Питер в конце концов получила название пни.