Фамилия Chistyunin формируется из прозвищ Chistyunya, которая восходит к прилагательное "чистый". Вполне возможно, что предок владельцем этого имени был аккуратный, опрятный человек, за что и получил соответствующее прозвище.
С другой стороны, это может указывать на псевдоним и чистоту души, мыслей.
Кроме того, не исключено, что прозвище Chistyunya связано со словом "чистота". В северной Волге так называемые денди, мод. Chistyunya в конечном счете получил название Chistyunin.