Шабаев фамилия происходит от мусульманского мужского имени Шаба, что по-арабски означает "молодой человек, молодой человек."
Менее вероятно, является гипотеза, согласно которой название образовано от прозвища Шабаев Шабан с русского диалекта глагол "shabaydat" - ". шепотом, шепотом"