Шамрай фамилия происходит от прозвища Шамрай. В основе Шамрай прозвищ является украинское слово "Шамра", т.е. "Тьма, мрак, рябь на воде от ветра." Вероятно, будут включать ссылку на прозвище оккупации (моряк, рыбак) или личности (резерв), внешний вид человека.
Возможно также, что прозвище происходит от украинского глагола "shamrati", т.е. "Swish, свист". В таком случае можно было бы назвать Шамраев, чье произношение отличается шепелявость.