Фамилия Шкерин формируется из Shker прозвища. В «этимологический словарь русско-говорящих" М. Фасмера слово "shkera" - "овца". Вполне возможно, что так называемый тихий, спокойный, скромный человек. Тем не менее, не исключено, что пастуха по имени Shkerom.
существительное "shker" имеет тот смысл, "скала скалы". В этом случае прозвище Shker был связан с резиденцией основателя семьи.
В "текущий словарь русского языка" В. И. Даля слово "shker" определяется как "море priberezhe, густо усеянное островами, недалеко от пролива proranami". Это слово было заимствовано из скандинавских языков, где оно было неотъемлемой частью многих терминов моря: shkernaya (флотилией побережье Финляндии), shkerbot (плоскодонных кораблей перевозочные) и т.п. Соответственно, прозвище относится к так называемым " профессиональные "именования содержащей ссылку на деятельность человека. Вполне вероятно, что предок был Шкерин моряка. Shker в конечном счете получил название Шкерин.