Фамилия Афонов относится к самым необычным русским именованиям, которые имеют искусственное происхождение. Поначалу искусственные фамилии служили для идентификации личности безымянных детей (как правило, незаконнорождённых, а также сирот и найдёнышей). Со временем такие именования распространились среди учащихся семинарий.
Семинарские фамилии возникали в случаях:
- когда к моменту поступления в семинарию человек ещё не имел официально закрепившейся фамилии, а её, тем не менее, требовалось указать в документах;
- когда естественно сложившаяся фамилия будущего церковнослужителя ассоциировалась с неподобающими сану вещами (например, Пьянов, Разгуляев и т.п.);
- когда семинарские наставники желали поощрить одаренных учеников, присвоив им красивое именование;
- когда требовалось наказать нерадивых семинаристов, заставив их носить фамилию, образованную от слова с негативным значением.
Значительная часть искусственных фамилий восходит к латинским или греческим основам. В некоторых случаях это обусловлено желанием семинарских преподавателей облагородить облик уже существующей русской фамилии семинариста. Для этого русское слово, от которого была образована фамилия, переводили на один из античных языков и добавляли к иностранной основе русский суффикс. Например, фамилия Надеждин стала звучать как Сперанский (от латинского «spero» - «надеяться»), Веселов – как Гиляровский (от латинского «hilaris» – «весёлый»), а Песков – как Аренский (от латинского «arena» - «песок»).
Также в основу семинарских фамилий ложились имена христианских святых, античных богов и героев, названия церковных праздников, экзотических животных и растений, драгоценных камней, а также название местности, города или села, откуда прибыл ученик.
Так, фамилия Афонов ведет свое начало от названия горы Афон. Гора Афон — одно из главных святых мест, земной удел Божьей Матери. Превращение Афона в исключительно монашеское обиталище произошло после Трулльского Собора, постановившего в частности в отношении скитающихся «пустынников». Многие из таких скитальцев, которых было много по причине нашествия магометан особенно в Константинополе, устремились на Афон.
Расцвет монашества на Афоне произошел во время царствования Василия Македонянина, вошедшего на престол в 867 году. Им было подтверждено исключительное право монахов на обитание на полуострове, дарованном еще Константином Погонатом.
После захвата Салоник турками в 1430 году монахи Афона немедленно принесли заверения повиновения султану Мураду II. После падения Константинополя в 1453 году Афон продолжал долгое время пользоваться прежними правами и привилегиями, но в 1556 году султан Селим II своим указом отобрал у афонских монастырей все имения.
В XVII—XVIII веках Афон стал местом греческого просвещения, учености и книгоиздательства: при Ватопеде в средине XVIII века была основана Афонская академия (Афониада), при Лавре была устроена типография.
После восстания 1821 года последовала турецкая военная оккупация Афона и репрессии. Уцелевшие монахи рассеялись по островам архипелага. Андрианопольский мирный договор между Россией и Портой в сентябре 1829 года обеспечил прекращение турецкой оккупации и возвращение монастырских имений.
Безусловно, фамилия Афонов представляет собой замечательный памятник русской культуры. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Афоновых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.