Фамилия Воскобойник формируется из аналогичных прозвище. Он относится к так называемой «профессиональной» имен, содержащую ссылку на деятельность человека. Воскобойников в старину называли мастером, чтобы сбивать восковые свечи и другие продукты.
Фамилия встречается в исторических документах XVII века, в котором упоминается Максим Воскобойник, человек, новгородский купец, в 1662 году. В конце концов получила название Воскобойник.