Фамилия Воскобойников формируется из Воскобойник прозвища. Он относится к так называемой «профессиональной» имен, содержащую ссылку на деятельность человека. Воскобойников в старину называли мастером, чтобы сбивать восковые свечи и другие продукты.
Фамилия встречается в исторических документах XVII века, в котором упоминается Максим Воскобойников Новгород купцу, 1662. Воскобойник в конечном счете получил название Воскобойников.