Ганенко фамилия формируется из личного имени и относится к распространенным видом украинских фамилий.
Имя основе Ганенко было светское имя Ган. Фамилия Ганенко была распространена в восточных регионах Украины, на что указывает суффикс-EHKO. Возможно, это происходит от прозвища нарицательное Гана "Гана" (в переводе с украинского - «осуждение»). Скорее всего, родоначальником семейной жизни владельца привело, в некоторых отношениях отличается от обычного, за которое он был осужден, и сельские жители. Однако это может получить прозвище, и злой, сварливый человек.
Согласно другой, более правдоподобной версии, имя Ганенко была создана во имя Гавриил. В основе его фамилия уменьшительная форма - Ган, Ганка. Само имя Гавриил иврите корни, и в русском переводе означает «божественный воин". Ган, в конце концов получил название Ганенко.