Фамилия происходит от прозвища Глубоковский Глубоковский. Она берет свое начало в топоним Глубокова - так назвал несколько сел и малых городов в России. Скорее всего, предок семьи владельца Глубоковский был родом из одной из этих деревень.
Сам Глубокова топонима, очевидно, связано с прилагательным "глубокой". Обычно называют что-то безграничное глубокий, безгранично, имеет большую глубину. Таким образом, можно предположить, что Глубокова расположены в низинах или были далеко от крупных населенных пунктов. Глубоковский в конечном счете получил название Глубоковский.