Фамилия Губаренко формируется из Губарь прозвища. Она берет свое начало от нарицательным "губой". Губарев в России называли толстыми губами, или обидел (то есть склонен "дуть губы") человека.
Первое упоминание документально именование связано относятся к концу XV века. Таким образом, в "Onomastikone" С. Б. Веселовского упоминаются: Иван Губарь, крестьянин, в 1495 году, Новгороде Алексей Губарь, джентльмен, потомком родного Смоленска, 1610
Скорее всего, первоначально название Губаренко появилась на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс-EHKO. Со временем, вероятно, родом Губаренко переехал в Россию, где не было русификации имен при помощи суффикса-ов. Губарь, в конце концов получил название Губаренко.