Гунько фамилия происходит от прозвища Гуня. Гуня прозвище происходит от нарицательного "Гуня" - "тощий потрепанный одежды", "тряпки". Возможно, это указывает на финансовое положение отца. Тем не менее, слово "Гуня" был использован в древние времена и в связи с вялым, вялость, медленное человек, и слякоть неопрятный человек.
В истории Атаман известно Гуня, бежавший после поражения в битве с поляками.
Позже Гуня прозвище имя Гунько.