Фамилия Ишков образуются от имени Ishka, что народные формы тюрко-татарское название Ишкин, что в переводе на русский язык означает "единственный матч, друг, товарищ,».
Наверное, называется тем же именем ребенка, родители хотели, чтобы их сын стал настоящим мужчиной и верным другом.