Фамилия Колупаев формируется из прозвищ Колупаев, которая восходит к глаголу "Колупаев" - ". Копать, ломать его, оторвать" В соответствии с этим прозвищем он мог получить человек, который ел неряшливо.
По другой версии, прозвище восходит к нарицательным Колупаев "kolupa" - ". угрюмый, вялый человек" В этом случае прозвище указано личности предка Колупаев в конце концов получил название Колупаев..