Основу названия было религиозное имя Кононыхин Конон. Кононыхин - Kononykin вариант названия. Она, в свою очередь, происходит от одной из форм название Конон - Kononyka (этот вариант названия часто встречается в среде уральских казаков).
Само название Конон имеет греческое происхождение и означает "работать, трудолюбивые". В истории Православия известны пять святых этого имени: Преподобный Конон, игумен Pentukla (день его памяти падает на 4 марта), мученик Конон Исавр (18 марта), мученик Конон Конон и его сын (19 марта) и римского мученика Конон (18 июня).
вероятно Кононыхин прародитель был человеком простым классов. Тот факт, что фамилия происходит от полной формы имени, по сути социальной элиты, дворянства, или семья пользовалась в районе больше представителей власти, которые уважают соседи называли полным именем, в отличие от других классов, которые призывали к как правило, уменьшительными, производными, обычное имена. Kononyka в конечном счете получил название Кононыхин.