Фамилия Короткин формируется из прозвищ Короче, которая восходит к прилагательным "короткий". Скорее всего, кратко называют невысокий человек.
Согласно другой, менее правдоподобной версии, короткое прозвище восходит к нарицательным "короткий". "Короткие" - кисломолочный продукт, своего рода сыров, распространение среди башкир, народов Средней Азии, Казахстан, Саяно-Алтайского нагорья. В этом случае мы можем предположить, что прародитель занимался подготовкой Короткин этот молочный продукт. Короткая, в конечном счете получил название Короткин.