Костомаров прозвища восходит к слову "Костомаров" - "большие кости". Очевидно, что в старые времена они называют большие кости, влиятельный человек телосложения.
В "Onomastikone" С. Б. Веселовского упоминается Костомаров Илариона, был убит в 1560 году в Казани, Джеймс Filatovich Костомаров, 1587, Тула. Костомаров, в конце концов получил название Костомаров.