Фамилия образована от топонима Kudankin Kudanki. Сел и деревень с таким же названием, весьма распространены в России и Украине (деревня в Волосовском районе, деревне в Хмельницкой области и т.д.). Возможно, имена основателем был уроженец или житель одного из этих населенных пунктов.
Согласно другой гипотезе, имя формируется из прозвище Kudanka. Она восходит к тюркскому "где" - "серый", "слуга". В этом случае, псевдоним или отражать личность и поведение основателя семьи (обычная, обычная), или указывать на социальный статус и род занятий родителей. Kudanka в конечном счете получил название Kudankin.