Фамилия Kunakin образуются от имени кунак. Она берет свое начало от слова qonaq, который в переводе с тюркского означает "гость". На Кавказе, так называемый хороший друг или близкий друг.
В "Onomastikone" именами С. Б. Веселовского семьи упоминаются: Кунаков Федор, клерк, 1630, Мещера, Адашев кунак В., 1613, там же.