Скорее всего, название происходит от прозвища Липухин Lipuha (Lepuha). Так называют человека с кожным заболеванием.
По другой версии, название происходит от мирского Липень имя Липухин, Lipuha, что в белорусском языке означает "Июль". Вероятно, это имя, данное ребенку, родившемуся в июле. Все лето в восточных славян часто ассоциируется с мужчинами зрелого, полностью развитые державы. Считалось, что родившиеся летом очень сильные и здоровые дети.
Возможно также, что в основе семьи Липухин это прозвище, которое восходит к украинскому слову "Липник", то есть моделей, гончара. Таким образом не исключено, что прародитель Липухин бы гончар по профессии. Lipuha в конечном счете получил название Липухин.