Основу названия был в миру Malogin Малюга. Светское имя происходит от прилагательного Малюга "малых" и указал на небольшой размер новорожденного. В древние времена эти имена, восходящие к корню "неправильное" были весьма популярны. Так, известны имена ребенка, парень, Малюта Malyava и т.д. Эти имена продолжали использоваться даже тогда, когда ребенок становится взрослым, и, следовательно, связаны в фамилии.
Согласно другой гипотезе, название восходит к прозвищу Малюгин Малюга, в котором указано особенности внешности человека, а именно, низкий рост.
В "Onomastikone" С. Б. Веселовского упоминается однокоренные имена: Борис минор (конец XV века, Новгород), Malyga (крестьянин, конец XV века, Переславль) Малыгин (от К концу XV века, Ярославль и Новгород), Василий Малышкин и Мэтью Родионович (1569, Ярославль). Он также отметил, что имя и фамилия ребенка Малышев были очень распространены в XV-XVII века. Малюга в конечном счете получил название Malogin.