Фамилия Malonenkov формируется из прозвищ Мэлоун, который, вероятно, восходит к прилагательным "мало, мало". Можно предположить, что Мэлоун был назван прозвищем Короче говоря, маленький человечек. Таким образом, это может указывать на внешние черты предка Malonenkovyh.
Возможно, название изначально пришли Malonenkov в Украине или Беларуси, о чем свидетельствует характерный суффикс-EHKO. Со временем род Malonenkovyh переехал в Россию, где не было русификации названия при помощи суффикса-ов.