Фамилия Мархотко формируется из прозвищ Мархотко, которая основана на аналогичной украинской диалектное слово. В переводе это означает "трахать". Название относится к однолетнее травянистое растение, род табак.
Вполне вероятно, что прозвище относится к Мархотко так называемых «профессиональных» имен, содержащее указание на вид деятельности человека: возможно предок современной семьи СМИ Мархотко был торговцем табаком.
Следует отметить, что имя Мархотко распространена на территории Беларуси. Мархотко легли в основу семьи Мархотко. В формировании славянских фамилий использовались различные форманты: суффиксы принадлежности (-ov/-ev, в -skiy/-tsky), уменьшительно-суффиксы (-onok/-enok, EHKO-,-ко,-ан,-ес-U ,-чик,-Enya-ой), суффиксы, отчества (-ovich/-evich,-ич) и др. Иногда же глава прозвище семьи передаются потомству в неизменном виде. Мархотко в конечном счете получил название Мархотко.