Фамилия Nagatkin формируется из прозвищ Nagatka, которая, вероятно, восходит к глаголу "nagachivat". В "Толковом словаре русского языка" В. И. Даля оно трактуется как «сон с хворостом, соломой, почвы (например, путь к печи или песчаное место или плотины для удержания воды)". Вполне вероятно, что прозвище Nagatka отражают месту жительства основателя рода (на болотах).
Возможно также, что прозвище относится к Nagatka так называемых «профессиональных» имен, содержащее указание на вид деятельности человека: возможно предок современного названия СМИ Nagatkin занимается nagatkoy плотин. Nagatka легли в основу семьи Nagatkin. Nagatka в конечном счете получил название Nagatkin.