Злодей формируется из фамилии аналогичным прозвище, возвращаясь к прилагательным "бесполезными", который в настоящее время имеет значение "непригодным для чего-нибудь".
Тем не менее, это прозвище не служит ругательством в старые времена. Исторические упоминания его как полностью нейтральный или даже респектабельно.
Известно, что прозвище было использовать в качестве злодея "защитного", чтобы обмануть и препятствовать "злой дух", охота на хороший ребенок. Таким образом, славяне были весьма распространенные имена, которые сейчас воспринимаются как оскорбительные: Дурак, уродливые, злодей и т.д.
В "Onomastikone" С. Б. Веселовского же корневое имя записано много раз: Верига Negodyaeva, судья в 1550 г., г. Рязань, Калина злодея Сергеев, раб, 1594, Новгород, Иван Негодяев, крепостной, в 1602 году, Новгороде. В конце концов получил имя злодея.