Фамилия Nelyuhin формируется из Nelyuha прозвища. Она берет свое начало от диалекта нарицательным "lyuha" - "грубый, некультурный, невежественный человек" с отрицательной частицей "не".
наверное Nelyuhoy называемый мягкий, добрый, образованный человек. Соответственно, прозвище Nelyuha указывают особенности характера и поведения основателя семьи. Nelyuha легли в основу семьи Nelyuhin. Nelyuha в конечном счете получил название Nelyuhin.