Основу названия было религиозное имя Нифонов Нифонт. Фамилия Нифонов образуются от имени Нифонт, который в переводе с греческого означает "трезвый, разумный". В основе названий короткая форма имени - Нифон.
В истории христианства Есть несколько святых, которые носили имя преподобного Нифонт - епископ Кипра, праведный Нифонт, Санкт-Нифонт - епископ Новгородский, монах из Афона и Санкт-Нифонт Нифонт - патриарх Константинопольский. Нифон, в конце концов получил название Нифонов.