Фамилия Ontoboev формируется из Ontoboy прозвища. Она берет свое начало в двух словах киргизский "онтогенетического" - "стон pokryahtyvat" и "борьба" - "маленькая, элегантная". Возможно, прозвище содержит указание на черты характера (склонных к жалобам, ныть, чувственный, эмоциональный), и в особенности внешности основателя семьи (изящные, красивые).
Согласно другой гипотезе, название восходит к топоним Ontoboev Ontoba - муниципалитет в Испании, в провинции Гвадалахара, в автономного сообщества Кастилия - Ла-Манча. Не исключено, что предок родился или Ontoboevyh долго жил в этой деревне.