Фамилия Papenkov формируется из прозвищу Папа. Она берет свое начало от нарицательным "папа" - "отец". Возможно, Папа крестил мальчика, который воспитывался у своего отца или глава большой семьи, единственным оставшимся в живых.
Кроме того, папы называли католического священника. В соответствии с этим можно предположить, что Папа называется тот, кто сыграл значительную роль в обществе, уважаемый, авторитетный человек.
Скорее всего, название изначально пришли Papenkov в Украине или Беларуси, о чем свидетельствует характерный суффикс-EHKO. Со временем, вероятно, родом Papenko переехал в Россию, где не было русификации имен при помощи суффикса-ов.
Первое документальное упоминание о однокоренных прозвищ и фамилий датируются первой половине века XVI. Например, известно из письменных источников Федор Папа Fold-Сабуров (первая половина XVI века). Житель города и Белоозерске человек Джеймс Папин (1623). Папа лег в основу семьи Papenkov. Папа в конце концов получил название Papenkov.