Фамилия Пустынцев формируется из прозвищ Pustynets. Скорее, это означает "житель пустыни". Пустыня была первоначально назывался уединенное место, где он живет отшельником, а позже - монастырь, возникший в безлюдной местности. Возможно Пустынцев называют отшельником, которые по религиозным соображениям, отказался от людей.
Кроме того, не исключено, что Пустынцев называют нелюдимым человеком. Pustynets в конечном счете получил название Пустынцев.