Фамилия Рукшин формируется из прозвищ Рукша, которая восходит к литовским глаголом rukti. Русский язык оно переводится как "дым". Вполне вероятно, что прозвище Рукша указал основатель привычка: он был заядлым курильщиком.
Вполне возможно, что это название этимологически связано со словом Рукас, то есть "Туман". Вполне возможно, что предок владельцем этого имени был довольно скрытный, молчаливый человек, который предпочитает шумной компании одиночестве. Рукша в конечном счете получил название Рукшин.