Основу названия был в миру Столбунов Столбунов. Столбунов фамилия формируется из мирских имен Столбунов, которая восходит к нарицательным "колонка". В России такие имена были распространены. Столбунов родители когда-то назвал ребенка в надежде, что впоследствии он станет для них надежной опорой и будет поддерживать и защищать их от врагов.
По другой версии, основанные на семейных прозвище Столбунов сформирован. Так могло прозвище высокий, худой человек. Таким образом, прозвище указывает внешние черты его владельца.
В "Onomastikone" академика С. Б. Веселовского же имена корневых упоминаются: князь Михаил столб Пожарского, 1560; столбчатые, землевладельцы, XV века, Новгород, выселены в конце века в Новгородской области. Столбунов в конечном счете получил название Столбунов.