Основу названия было религиозное имя Флегонтов Флегонт. Фамилия Флегонтов формируется из крещении имя Флегонт. Она восходит к греческому слову "Флегонта," что в переводе на русский язык как "горение, ревностное".
Покровитель имени апостола Флегонт. Церковное предание говорит, что он был обращен в христианство Павла и был поставлен епископом при Марафоне, где фригийский и был замучен.
В православной церкви память Флегонта сделано 21 апреля и 17 января. Флегонта, в конце концов получил название Флегонтов.