Основу названия было религиозное имя Флягин Флегонт. Фамилия Флягин не связано с нарицательным "банку". Оно образовано от названия Флегонт старика (по-гречески - "горение"). Подается в качестве основы для названия его краткая форма колбы.
Одна из первых упоминаний имен в письменных источниках относится к концу XVI века: "Onomastikone" академика С. Б. Веселовского записан Флягин вялость, фермер, в 1585 году, Владимир. Колба, в конце концов получил название Флягин.