Чернышенко фамилия происходит от прозвища Черныш. Ник Черныш (на украинском языке Черныш письменно), очевидно, есть человек с темной кожей, черными волосами, или тот, кто носил темные одежды. Кроме того, прилагательное "черный" в старину часто используется для обозначения "зло", "плохо" (то есть прозвища Черныш мог получить человек, а не его поведение выиграл одобрение окружающих). Кроме того, отдавая дань назывались черными выполнения повинности крестьян (в отличие от "белого, отбеленные," то есть "свободный от налогов или сборов").
Позже Черныш прозвище имя Чернышенко.
суффикс-EHKO указывает имя украинского происхождения Чернышенко.