Фамилия Шварцер сродни этимологию немецкого прилагательного Шварц, которая переводится на русский язык означает "черный". Возможно, название отражает особенности внешности своего основателя - темные глаза, черные волосы, темная кожа.
Однако, не исключено, что имя Шварцер может быть связано с семейством предка (например, развертка трубы или чернорабочий).