Шебеко фамилия, вероятно, фонетический вариант белорусского фамилии Shybeka (Shabeka). В основе семьи - по аналогии с прозвищем, которое восходит к белорусской слова "shybats" - "ехать быстро", "shybki" - "скоро". Соответственно, прозвище Шебеко мог получить тот, кто в быстром темпе.
По другой версии, название Шебеко имеет тюркское происхождение. Возможно, это связано с тюркскими Shadibek мужское имя, которое означает "радость господину". Xebec в конечном счете получил название Шебеко.