Фамилия Шеянов формируется из прозвищ Шеянов. Она берет свое начало в киргизский нарицательным "Сян" - "жулик, озорник". Возможно, прозвище отражает особенности характера и поведения основателя семьи.
Согласно другой гипотезе, основой для прозвище было русское существительное "шеи". В таком случае можно было бы назвать Шеянов сильный, сильный человек, или глава семьи.