Фамилия Шунин формируется из прозвищ Шуня. Возможно, оно основано на диалектное слово "Shun", который, в диалекте Олонецкой установлен на "расширение жилой дом по соседству." Вполне вероятно, что прозвище Шунь принадлежал к так называемой «профессиональной» именования содержащей ссылку на деятельность человека. Таким образом, можно предположить, что Шунина предка занимается строительством Шуня.
Однако, не исключено, что прозвище было использовано Шун в переносном смысле "дальний родственник, приемный ребенок».
Существует также гипотеза, согласно которой прозвище является Шун белорусские корни и восходит к слову "Shun", т.е. "Лихорадка". В этом случае прозвище могли выполнять так называемые «защитные» функции и использовать в качестве талисмана. По словам суеверных обычаев, существовавших в России, таких как псевдонимы назначаются детям для того, чтобы отвращение злых сил. Чтобы не искушать судьбу и принять зло, детям давали прозвища со значением противоположным ожидаемым или хотел родителей к детям. В этом случае, в надежде иметь красивый и здоровый мальчик, его родители назвали Shuney.
Менее вероятной связи с крещении имя Шунин мужского имени Александр, который в переводе с греческого означает "защитник".
Одна из первых упоминает имен в письменных источниках относится к первой половине XVII века. С "Onomastikone" С. Б. Веселовского записан Шунин Соня, фермер, в 1627 году, Белев. Шун, в конце концов получил название Шунин.