Фамилия Баклунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий.
У славян издревле существовала традиция давать человеку прозвище в дополнение к имени, полученному им при крещении. Связано это было с тем, что церковных имен было сравнительно немного, и они часто повторялись. Прозвище же позволяло легко выделить в обществе человека. Это было очень удобно, поскольку запас прозвищ был поистине неисчерпаем. Источниками могли быть: указание на особенности характера или внешности человека, обозначение национальности или местности, выходцем из которой был человек. Порой, прозвища, изначально присоединявшиеся к крестильным именам, полностью вытесняли имена не только в повседневной жизни, но и в официальных документах.
Фамилия Баклунов восходит к прозвищу Баклун, которое является производным от нарицательного «баклан» (род птиц). Более вероятной представляется связь прозвища с диалектными глаголами «бакланить, баклушить, баклушничать», т.е. «бить баклуши, шататься, бездельничать».
Уже в XV–XVI веках в среде богатых людей начинают закрепляться и передаваться из поколения в поколение фамилии, обозначающие принадлежность человека к конкретной семье. Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ов/-ев, -ин, изначально указывающие на прозвище отца. Таким образом, потомки человека, обладающего прозвищем Баклун, со временем получили фамилию Баклунов.
Фамилии формировались длительное время. Поэтому точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Баклунов, сложно.