Фамилия Беззубенко ведет свое начало от прозвища Беззубый. Фамилия Беззубенко образована от прозвища. Беззубый – человек, лишенный зубов, либо беззубый старик. Данное прозвище указывало на увечье, которое сразу бросалось в глаза. По народным представлениям зубы символизировали здоровье и жизненную энергию. Поэтому человек, лишенный зубов, считался больным и бессильным.
В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упоминаются однокоренные прозвища и фамилии: Беззубый Василий Иванович Ларионов, ясельничий вел. кн. Василия III, 1525 г.; Александр Федорович Беззубец Кошкин, боярин, первая половина XV в.
Позже прозвище Беззубый, для фамилии Беззубенко.